股东弥补公司亏损及退出机制是保证公司正常经营，维护股东权益的关键，应当在在公司章程中进行明确约定，并在工商登记机关予以登记备案。
公司一般的存续时间为3到5年，公司存在人格混同以及公司出现亏损无法弥补的情况，成为公司主要纠纷，甚至严重影响公司的正常经营。
鉴于公司法对股东弥补公司亏损及股东退出机制，仅有原则性的规定，导致发生亏损，以及股东之间发生矛盾，相互掣肘，影响甚至侵害公司正常经营。基于以上原因，应当在设立公司时，在公司章程中对公司亏损弥补以及股东退出机制进行明确约定。
1、对公司亏损弥补进行约定。
依据公司法的规定，股东仅在出资范围内对公司债务承担责任。但实际情况是，即便是股东按照公司章程及出资比例完成出资，公司经营中一旦出现亏损，往往需要弥补亏损维系公司经营。这种情况下，就需要对股东弥补公司亏损进行约定，例如，约定公司出现亏损时，任意股东均有权委托会计师事务所对公司亏损进行审计，各股东负有无条件配合的义务，各股东应当依据出资比例及审计报告确定的亏损额度，在3个月内弥补亏损。
这里需要强调一点的是，同样鉴于公司股东“一股独大，小股东不参与经营”的实际情况，一旦出现亏损，让小股东弥补亏损，对小股东显失公平，为了避免此情况，可以约定：任一股东均有权对公司会计账簿进行查阅，未经股东确认的公司重大事项（金额在XX之上）发生的亏损，股东不负有弥补该亏损的义务。
2、对公司股东退出机制进行约定
公司股东“退不出、退出难、难退出”也是公司常见纠纷，究其原因，同样是公司法、公司章程对股东仅有原则性规定，没有明确具体、可操作的退出机制。鉴于此，应当对股东退出机制进行明确约定，包括：（1）、股东一般性退出机制，也就是公司法规定的股东退出情形；（2）、股东强制退出机制，这又包括两个方面：一是公司强制股东退出机制，例如，股东利用优势地位，进行同业竞争，恶意侵害公司及其他股东权益；未能按时完成出资或者弥补公司损失等；二是股东强制退出机制，包括大股东利用优势地位，独断经营、恶意不分红、造成公司亏损、利用公司财产为自己或他人提供担保等情形，一旦出现上述请求，股东可以强制退出公司。
